排污許可制度是落實企事業單位總量控制要求的重要手段，通過排污許可制改革，改變從上往下分解總量指標的行政區域總量控制制度，建立由下向上的企事業單位總量控制制度，將總量控制的責任回歸到企事業單位，從而落實企業對其排放行為負責、政府對其轄區環境質量負責的法律責任。

排污許可證載明的許可排放量即為企業污染物排放的天花板，是企業污染物排放的總量指標，通過在許可證中載明，使企業知曉自身責任，政府明確核查重點，公眾掌握監督依據。一個區域內所有排污單位許可排放量之和就是該區域固定源總量控制指標，總量削減計劃即是對許可排放量的削減；排污單位年實際排放量與上一年度的差值，即為年度實際排放變化量。

改革現有的總量核算與考核辦法，總量考核服從質量考核。把總量控制污染物逐步擴大到影響環境質量的重點污染物，總量控制的范圍逐步統一到固定污染源，對環境質量不達標地區，通過提高排放標準等，依法確定企業更加嚴格的許可排放量，從而服務改善環境質量的目標。