環境影響評價制度與排污許可制度都是我國污染源管理的重要制度。如何實現環評制度和排污許可制度的有效銜接是排污許可制改革的重點。《實施方案》中提出，通過改革實現對固定污染源從污染預防到污染管控的全過程監管，環評管準入，許可管運營。

環評制度重點關注新建項目選址布局、項目可能產生的環境影響和擬采取的污染防治措施。排污許可與環評在污染物排放上進行銜接。在時間節點上，新建污染源必須在產生實際排污行為之前申領排污許可證；在內容要求上，環境影響評價審批文件中與污染物排放相關內容要納入排污許可證；在環境監管上，對需要開展環境影響后評價的，排污單位排污許可證執行情況應作為環境影響后評價的主要依據。