排污許可證核發權限確定的基本原則是“屬地監管”以及“誰核發、誰監管”。根據《方案》，核發權限在縣級以上地方環保部門。具體來看，隨著省以下環保機構監測監察執法垂直管理制度改革試點工作的開展，地市級環保部門將承擔更多的核發工作。對于地方性法規有具體要求的，按其規定執行。如寧夏回族自治區已通過《寧夏回族自治區污染物排放管理條例》，該條例明確“對于總裝機容量超過30萬千瓦以上的燃煤電廠及石油化工”等重點排污單位，其排污許可證的核發權限為自治區環境保護主管部門。環保部將盡快制定相關文件，進一步明確排污許可證的核發權限。

此外，《方案》中還明確上級環保部門可依法撤銷下級環保部門核發的排污許可證。《行政許可法》中可以撤銷不當行政許可的各種情形，也同樣適用于排污許可證的核發。