污染防治措施是確保企業按證排污的前提和保障，但許可證制度設計中并未將其納入許可事項，主要從鼓勵企業不斷提高污染治理水平的角度考慮。在不屬于環境影響評價制度有關規范性文件確定的重大變更的情形下，企業污染治理措施發生變化時，如果有利于減少污染物的排放或者不增加污染物排放，這是允許的，不需要向環保部門申請變更排污許可證，但需在按規定上報的執行報告中予以詳細說明；如果污染治理措施發生的變化導致增加污染物排放量，企業則需要申請變更排污許可證。

　　為較好的判斷污染治理措施發生變化后環境影響變化情況，環保部門將依據排污許可證推進時間進度安排，按行業逐步出臺各行業污染治理最佳可行技術指南，如果企業治理措施的變化均在可行技術范圍內，且不新增污染物種類，則認為其污染物排放量在允許范圍內，無需申請變更排污許可證；如不在此范圍內，企業需要提供證明材料和監測數據，并向環保部門申請變更排污許可證。